中華人民共和國南京海關于1979年1月1日 正式成立。這是黨的十一屆三中全會召開以后，我國在長江內河設立的第一個海關機構。經過20多年的發展，南京海關各項工作取得顯著進步，已步入海關系統大關行列。

南京海關直屬國家海關總署領導，現為正廳局級海關,負責江蘇省內各口岸進出境貨物、運輸工具監管，進出境人員行李物品驗放，同時辦理征收關稅和其他稅費，查緝走私，編制海關統計等海關業務。截止2002年底，南京海關下轄2個副廳局級海關，19個正處級海關，15個副處級辦事處，以及1個緝私局和9個緝私分局。南京海關堅持“從嚴治關”方針，培養造就了一支愛崗敬業、廉潔奉公、精通業務的海關隊伍。

南京海關的監管區域為江蘇省全境，隨著江蘇省對外開放的不斷擴大，南京海關業務工作成績突出，監管進出口貨運量，征收關稅和進口環節稅，辦理加工貿易備案料值等主要業務指標在全國海關排名前列。南京海關始終保持打擊走私高壓態勢，對各類走私違法行為嚴防猛打，有力地維護了江蘇口岸正常的進出口秩序。

南京海關堅決貫徹“依法行政、為國把關，服務經濟、促進發展”工作方針，大力推進通關作業改革，加快建設現代海關制度，“管好自己的人，把好國家的門”，為促進江蘇省開放型經濟發展作出了貢獻。