根據國務院對蘇州工業園區開發建設有關問題的批復精神，蘇州工業園區海關(籌)于1995年4月28日進駐園區，邊籌建邊為園區規劃面積70平方公里及周邊4個鄉鎮183平方公里范圍內的企業開辦海關業務。經過4年的艱苦創業，園區海關于1999年5月12日正式開關（副廳），內設辦公室、人教處、監管處、加工貿易監管處、調查處、駐出口加工區辦事處6個職能部門。其主要職責是對進出境的運輸工具、貨物、物品實行監管，征收關稅和其他稅費，查緝走私，編制海關統計和辦理其他海關業務。