廈門海關是直屬國務院海關總署的正局級機構。目前，廈門海關下轄副廳級機構1個（廈門海關緝私局）和處級機構33個，科級機構205個。其中下設8個正處級下屬關，即東渡海關、廈門高崎機場海關、象嶼保稅區(qū)海關、泉州海關、石獅海關、漳州海關、東山海關、龍巖海關；1個副處級下屬關，即肖厝海關；4個派駐機構，即駐海滄辦事處、駐高崎辦事處、駐同安辦事處和駐郵局辦事處。

　　1684年（清康熙23年），清政府開放海禁，設立閩、粵海關。其中，閩海關為福建海關通稱，初僅設福州、廈門兩口，廈門口于1685年5月正式對外辦公，其行政和業(yè)務由清政府派海關監(jiān)督進行管理。廈門海關機構設立至今已有近320年歷史。

　　1949年10月17日，廈門解放。22日，廈門市軍事管制委員會派軍事代表正式接管廈門關，開始了廈門口岸人民海關的歷史新階段。

　　1984年7月，廈門海關由正處級機構調整為廳局級機構。

　　廈門海關是直屬國務院海關總署的正局級機構。目前，廈門海關下轄副廳級機構1個（廈門海關緝私局）和處級機構33個，科級機構205個。其中下設8個正處級下屬關，即東渡海關、廈門高崎機場海關、象嶼保稅區(qū)海關、泉州海關、石獅海關、漳州海關、東山海關、龍巖海關；1個副處級下屬關，即肖厝海關；4個派駐機構，即駐海滄辦事處、駐高崎辦事處、駐同安辦事處和駐郵局辦事處。

　　廈門關區(qū)管轄范圍包括福建省的廈門、泉州、漳州、龍巖4個地級市。轄區(qū)面積約占福建全省面積的半壁河山。

　　廈門海關職責，主要擔負著對廈門關區(qū)進出關境運輸工具、貨物和物品監(jiān)督管理，征收稅費，查緝走私，編制海關統(tǒng)計和辦理其他海關業(yè)務的任務。業(yè)務門類齊全，現中國大陸海關所有的各類業(yè)務廈門海關都有，陸、海、空運輸方式均有。有些業(yè)務門類是全國海關獨有，如大嶝對臺小額商品交易市場是全國獨一無二；又如出口監(jiān)管倉入庫退稅全國只有在廈門海關和深圳海關試點；廈門海關還擔負著對金廈直航監(jiān)管業(yè)務；廈門區(qū)港聯動試點工作正穩(wěn)步推進，已于2005年下半年驗收通過。